北京の新たなコロナウイルスの遺伝子配列が公開

最近北京で採取された3つの新型コロナウイルスのサンプルの配列は同一ではなく、新型コロナウイルスが1～2か月前には北京のコミュニティでひそかに広がっていた可能性があることを示唆している。

著者 |シ・ジュン

全世界で確認された感染者数は8,242,999人

世界の死者数: 445,535人

（記事執筆時点の最新データ、出典 | WHO）

4月21日の日記「ウイルス遺伝子配列追跡と流行調査方法の詳細説明」で、ウイルス配列共有とNextstrainプログラムについて触れました。

伝染病が発生すると、世界中の科学者が新たに収集されたウイルスのサンプルの配列を解析することになる。流行の緊急性から、多くの科学者が未発表のウイルス遺伝子配列を共有データベース（GISAIDなど）にアップロードし、世界と共有するでしょう。

シアトルのフレッド・ハッチンソンがん研究センターのトレバー・ベッドフォード氏を含むウイルス進化の専門家チームが、「Nextstrain」と呼ばれるプロジェクトを組織した。科学者らは共有されたウイルス配列をできるだけ早くNextstrainのバックエンドにダウンロードし、これらの配列を世界的な感染マップに組み込み、新型コロナウイルスのゲノム疫学に関する最新情報をnextstrain.orgで公開し、ウイルスの系統樹を更新する予定だ。

Nextstrain ソフトウェア プラットフォームは、過去数年にわたって徐々に開発および改善され、エボラ、ジカ、季節性インフルエンザなどの流行病に使用されてきました。流行時にゲノム疫学ができるだけ早く役割を果たすことを目指しています。今年も新型コロナウイルス感染拡大に関する情報を随時更新している。

本日、ネクストストレインのツイッターアカウントは3つの新たなコロナウイルス遺伝子配列を発表したが、その全ては北京で最近発生した流行のウイルスサンプルから得られたものだった。 3つのサンプルは2020年6月11日に採取され、2つは感染者から、1つは環境サンプルから採取された。中国疾病予防管理センターの国立ウイルス病予防管理研究所（NIVDC）によって迅速に配列決定され、GISAID で共有されました。

これら3つの配列は、ヨーロッパからの多くのサンプルを含む進化クラスターに分類され（図1、上部と下部のパネル）、2020年3月19日〜20日に北京に輸入された3つのウイルスの遺伝子配列とは大きく異なります。

図1 世界的なコロナウイルスの系統樹。上のグラフはサンプリング時間を横軸にとり、下のグラフは突然変異の数を横軸にとります。 （クリックすると拡大します）

世界的な枠組みでは、これら 3 つの北京の配列に最も近い配列は、チェコ共和国、台湾、中国、ギリシャ、ポルトガルからのものです (図 2)。ネクストストレインは最近、データベース内の多くの反復配列を合理化したため、北京のウイルスがどこから来たのかは依然として不明である。

図2（クリックすると拡大します）

地域分布をアジアの枠組みで見ると（図3）、北京の順位はチェコ共和国、台湾、デンマーク、コロンビア、イスラエル、オーストリアの順位に非常に近い。

図3（クリックすると拡大します）

ヨーロッパの枠組み（図4）では、北京の配列はチェコ共和国やデンマークなど多くのヨーロッパ諸国の配列に非常に近く、ポルトガルやスウェーデンの遺伝子配列とは1つの変異が異なるだけです。

図4（クリックすると拡大します）

そのため、遺伝子配列の解析に基づくと、最近北京で流行している新型コロナウイルスは、ヨーロッパで流行しているウイルスと関連があるという。しかし、この配列は多くの国で見られる配列と類似しているため、どこで発生し、いつ北京に導入されたのかは依然として不明だ。

最後に、そして最も重要なことは、北京の3つのウイルスの遺伝子配列は類似しているものの、同じではないということです。サンプル（1）とサンプル（2、3）の間にはすでに2つの変異が存在します（図5）。第一段階の変異 (A29694C) は両方のサンプル (2 と 3) に存在しますが、第二段階の変異は異なります (C12085T と A11910G)。これは、新型コロナウイルスが流行前から北京のコミュニティで静かに広がっていた可能性があることを示唆している。新型コロナウイルスの変異速度は速くないため、平均すると月に2回変異する。感染が短期間に単一の地点（新発地市場）で発生した場合、ウイルスの遺伝子配列は同じである可能性が高い。

図5（クリックすると拡大します）

前回の日記（「棺を開けて解剖：各国でコロナウイルス感染はいつ発生したのか｜流行観察117」参照）でも触れたが、米国のシアトルやニューヨーク、フランスのパリなど、世界各地でコロナウイルスは1～2か月間、人々に気づかれないまま静かに地域社会に広がり、その後本格的な流行を引き起こした。北京での新型コロナウイルスの市中感染は1～2か月前に始まった可能性がある。

参考文献

https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512